Thực hiện khám bệnh, chữa bệnh đa khoa và phục hồi chức năng bằng Y học cổ truyền, kết hợp Y học cổ truyền với Y học hiện đại; nghiên cứu khoa học, bảo tồn và phát triển y, dược cổ truyền; đào tạo, chỉ đạo tuyến về chuyên môn kỹ thuật và là cơ sở thực hành về y, dược cổ truyền của các cơ sở đào tạo y, dược và các đơn vị có nhu cầu.

Căn cứ Quyết định số 161/BYT-QĐ ngày 02/3/1985 của Bộ trưởng Bộ Y tế ký chuyển giao Viện Y dược học dân tộc trực thuộc Bộ Y tế về cho Ủy ban Nhân dân thành phố Hồ Chí Minh quản lý toàn diện và Quyết định số 4026/QĐ-BYT ngày 20/10/2010 của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc ban hành quy định phân công công tác chỉ đạo tuyến trong lĩnh vực khám, chữa bệnh, Viện Y dược học dân tộc thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ trưởng Bộ Y tế giao, cụ thể như sau:

• Nghiên cứu khoa học và tuyên truyền phổ cập những kiến thức Y học dân tộc trong cán bộ và nhân dân.
• Thừa kế và phát huy, chỉ đạo toàn diện công tác y dược học dân tộc trên địa bàn thành phố Hồ Chí Minh, đồng thời hỗ trợ giúp Cục quản lý Y Dược cổ truyền – Bộ Y tế trong việc tổ chức chỉ đạo thừa kế phát huy y, dược học dân tộc ở 19 tỉnh, thành miền Nam và 5 tỉnh Tây Nguyên.
• Khám và chữa bệnh bằng các phương pháp y học dân tộc cho cán bộ và nhân dân thành phố Hồ Chí Minh và các tỉnh trong cả nước.
• Tham gia đào tạo, bồi dưỡng cán bộ Đại học và Trung học y dược học dân tộc, đồng thời là cơ sở hướng dẫn thực hành cho Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch.
• Chỉ đạo tuyến trước về Y dược học dân tộc trên địa bàn thành phố Hồ Chí Minh, đồng thời hỗ trợ giúp Cục quản lý Y Dược cổ truyền chỉ đạo, xây dựng phong trào Y dược dân tộc ở 19 tỉnh miền Nam (bao gồm thành phố Hồ Chí Minh) và 05 tỉnh Tây Nguyên.